３年生の理科で、綿を栽培教材にできますか？

できます。

３年生では、一般的に【ホウセンカ】【マリーゴールド】【ヒマワリ】が扱われています。
２種類以上の植物を継続的に栽培・観察することになっていますので、その１つを綿にすれば、よい学習教材になると思います。
東京書籍の理科の教科書には、３年生の栽培植物の例として、綿が紹介されています。